С простукиванием/протаскиванеим все понятно.
Найти бровку они конечно позволяют, а вот незначительные до 0,5 м ямки/кочки уже маловероятно, что на относительно ровном дне может быть актуальным.
Маркер тут однозначно более информотивен. Осталось только оценить насколько велика погрешность измерения глубины, вводимая течением и можно ли ей принебречь.
По большому счету точная глубина нам не важна, нам важно изменение глубины. Т.к. в данный конкретный момент измерения течение будет относительно одинаковым, на большей части дистанции измерения, то и погрешность будет одинаковой, значит ее можно не учитывать.
Вопрос только в том, на сколько отклоняется поплавок от вертикали. Если 15-20 градусов, то, наверное, не принципиально, если больше, то погрешность будет великоватой, чтобы ею принебрегать.